En esta novela confluyen muchas historias que, espacial y temporalmente, se entrecruzan, se complementan y se enriquecen mutuamente, sin embargo, es posible distinguir tres historias “base”: la de Don Anselmo, la del Sargento Lituma y la del bandido Fushía.

Don Anselmo es un forastero que funda un prostíbulo en Piura, conocido como “La Casa Verde”. Ante ello el cura García, junto con otros “guardianes de la moral” de la ciudad inician una lucha frontal contra el “antro de perversión”, al cual terminan por incendiar. Don Anselmo cae en la miseria y se dedica a tocar el arpa en las cantinas. Años después, su hija, apodada “La Chunga”, funda otra casa-burdel al cual bautiza con el mismo nombre de la anterior.

Lituma es un piurano o mangache más que frecuenta la Casa Verde (la regentada por La Chunga), junto con sus amigos, tipos vagos y vividores como él, apodados “los Inconquistables”. Tiempo después se enrola en la Guardia Civil, fungiendo de sargento en el poblado selvático de Santa María de Nieva. Allí conoce a Bonifacia o “La Selvática”, una lugareña de ascendencia aguaruna, con quien se casa y regresa a Piura. Pero al reunirse de nuevo con sus amigos “inconquistables”, recae en las andadas y termina por ser encarcelado, mientras su esposa se prostituye en la Casa Verde. Al salir de prisión, Lituma no solo no hace nada para rescatar a su esposa, sino que junto con sus amigos empieza a vivir a expensas de ella.

Fushía es un contrabandista de origen japonés, quien junto con una muchacha iquiteña llamada Lalita, se instala en una isla del río Santiago, cerca a la frontera con Ecuador, donde se dedica a robar mercaderías a las tribus vecinas. Le ayuda su fiel amigo Aquilino, quien se encarga de llevarle dinero y víveres a cambio de las mercaderías robadas. Pero empieza a maltratar a Lalita y esta huye junto con otro prófugo, el práctico Adrián Nieves, desertor del Ejército. Solitario y víctima de una repulsiva enfermedad, Fushía es trasladado por su amigo Aquilino al leprosorio de San Pablo, cerca de Iquitos.

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